十二年前，被认为日本史上最伟大动漫作品之一的超人气动漫《新世纪福音战士》，于电视播映结束后却留下了很多谜团。相信看过此作品的漫迷们也会对此议论纷纷。
在全新的剧场动画问世前，制作公司 GAINAX 率先推出了《新世纪福音战士 机密档案》游戏，玩家将扮演 NERV 的情报员，从另外一个角度来一窥人类补完计划的真相。
原创新角色观点下的EVA世界
《新世纪福音战士 机密档案》以动画的 17～24 话剧场版《Air 真心为你》为基础。主角不是玩家熟悉的原作角色，而是隶属于 NERV 谍报部的探员剑崎。
故事从主角秘密运送 EVA 四号机到了 NERV 本部开始，面对恐怖分子的攻击、NERV 内部暗藏的阴谋等，透过调查各个事件，逐渐揭开原作中留下的种种谜团。玩家扮演的主角剑崎，在与美里、加持、律子、真嗣、零、明日香等人的交流之后，也逐渐产生了疑问……。
三大主线EVA所有谜团
随着游戏的进行，主线会发展出三条故事主线：「基本路线」和 TV 与剧场版故事相同，玩家可以透过主角剑崎的观点，经由EVA驾驶者与 NERV 其他成员的互动中，再次体验新世纪福音战士的世界观。
在「主角线路」中，和美里、律子和加持会为同窗的剑崎，发现自己也带有使徒的遗传因子，为此而苦恼着，并且重新思考了自己的方向。
「瞳路线」则是透过游戏里另一位新登场的原创角色，参与 Dummy System 和 Dummy Plug 开发的科学家加賀瞳的观点，在看到初号机与第 14 使徒的作战后，感受到的恐怖与威胁感。
庞大的剧情构架EVA知识捕完
游戏是分章节进行，三条故事线共有 37 话。每个章节的一开始玩家会获得一定数量的行动点数，无论是进行主线或支线剧情，都会笑好一点行动点数，如果行动点数消耗完毕，却无法完成该章节的主线剧情，游戏宣告结束。
PC 版的《新世界福音战士 机密档案》还加入了 EVA 问答游戏，共有三個难度等級，150 题与 EVA 有关的问题。由明日香或零在各难度的题目中各抽出 10 题，通過 3 个等级的考试后，就有机会得到精美的CG 做为奖励的。自认为是 EVA 忠实粉丝的玩家，可以试试看自己对福音战士的了解程度。
剧情发展到一定程度后，玩家有机会看见以 3D CG 绘制，动画中消失的四号机出现，与初号机的对决。而隐藏在 NERV 內的阴谋，与人類补完计划所留下的种种谜团，在游戏中也回随着玩家的推理而逐步揭开。